这时,解开的其中一条链会穿过蛋白质孔,它在通过蛋白孔时,会对膜两边离子的稳定流动产生扰动。不同的碱基,对离子流的影响不同,也就会产生不同的电流大小,进而形成下面的电流信号图。 ?
这里边,最著名的就是MnION系列,2016年8月,美国宇航员凯特·鲁宾斯在国际空间站完成微重力条件的DNA测序。它在测序时,一般像下图这样连接就行,显而易见的便携性。
而是根据 Reader 蛋白孔的纵向长度,R9 大约为 5 个碱基长,也就是说,同时会测得 5 个碱基的电信号,这并不是一项简单的判断过程。
目前,Nanopore 公司采用一种机器学习方法,递归神经网络(RNN),对碱基进行判读。该过程简单来说,是将已知碱基序列的电信号波形图做训练集和测试集,通过修正参数,拿到模型。
总结Nanopore 测序是基于电学的检测,区别与 Illumina 和 PacBio 的光学测序仪器便携,可用于远离实验室的地区,如疫区,农场等读长较长,大约 300,000 ~ 400,000 个碱基